|
|
Bioinformatic analysis of single nucleotide polymorphisms in the 1000 Genomes Project database
Parobková, Viktória ; Roy, Sudeep (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
The whole-Genome sequencing and its variations discovery were challenging for many years. The knowledge of all genetic variations is remarkably beneficial in disease research. The bachelor thesis is dedicated to human genetic variations and its two main research projects, the HapMap Project and the 1000 Genomes Project which notably helped the disease analyses. The first part describes both Projects and the following part explains the structure of their databases and presents software which enables to browse and download data from these projects. At last, statistical, population and bioinformatic analyses are performed on structural variant dataset assembled by the 1000 Genomes Project.
|
|
|
Population Structure and History of the Sahel From the Point of View of Alcohol Metabolism
Jurišová, Lívia ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent)
Sahel je najsevernejšou časťou subsaharskej Afriky. Je obývaný komplexnou zmesou ľudí, ktorí sa líšia etnickým pozadím a príslušnosťou k jazykovým rodinám a životným štýlom. V oblasti sahelu sa štúdie najvýznamnejšiemu a najviac študovanému génu metabo- lizmu etanolu, ADH1B, venovali veľmi málo, najmä z dôvodu nízkeho výskytu variantu rs1229984-T, ktorý urýchľuje prvý krok metabolizmu alkoholu. Variant rs1229984-T vďaka svojmu mimoafrickému pôvodu však najmä vo východnej časti sahelu predsta- vuje vhodnú pomôcku pre štúdium populačnej histórie. Východný sahel totiž pred- stavuje miesto, kde sa od 7. st. n. l. usídľovali imigranti z Arábie a dochádzalo k ich miešaniu s africkými populáciami. Za účelom štúdia populačnej štruktúry a histórie z hľadiska metabolizmu alkoholu boli využité už známe genotypové dáta štrnástich sahelských populácií, pochádzajú- cich najmä z východnej časti regiónu. Z dôvodu absencie kritického lokusu rs1229984 v genotypizačnom čipe boli vzorky podrobené sekvenácii. Kombináciou dát z genotypi- začného čipu a sekvenácie bolo nakoniec analyzovaných 26 lokusov génu ADH1B a jeho blízkeho okolia, ktoré pochádzali z 318 vzoriek. Genotypové dáta bolo potrebné previesť do haplotypovej podoby pomocou fázova- cieho programu. Pre výber vhodnejšieho fázovacieho programu boli dáta...
|
|
|
Rapidly mutating Y-STRs analysis as a tool for forensic investigations, genetic genealogical applications and molecular anthropology
Jakub, David ; Šimková, Halina (vedoucí práce) ; Doubková, Klára (oponent)
Ve srovnání se standardními Y-STR markery běžně užívanými ve forenzních oborech a bioarcheologii mají rychle mutující Y-STR markery (RM Y-STR) ve světových populacích podstatně vyšší haplotypovou diverzitu a rozlišovací schopnost. Jedná se o novinku v těchto oborech. Tato práce se pokusí objasnit jejich původ, funkci a efektivnost ve forenzní genetice, genealogii a molekulární antropologii pohledem na Y chromozom a jeho charakteristiky, které umožnují jeho využití při mapování populací, jednotlivých mužských linií, a identifikaci mužských pachatelů sexuálního násilí. Pohledem na ostatní polymorfismy Y chromozomu, především Y-SNP markery, zjistíme, ve kterých studiích je každý typ nejvhodněji využit. Na konci se objasní, jestli je použití RM Y-STR markerů přínosné pro jednotlivé obory, jestli učiní standardní Y-STR markery redundantní, nebo jestli jsou sami v porovnání bez podstatného využití.
|
|
|
Evoluce receptorů hořké chuti PTC v západní Africe
Holoubková, Tereza ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent)
Tato diplomová práce má za cíl zjistit, zda je gen TAS2R38 v západní Africe pod vlivem selekce a zda se jeho diverzita nějak liší u populací různých subsistencí v této oblasti. Zároveň se zaměřuje na polymorfismy vyskytující se v tomto genu a na jejich asociaci s vnímáním hořké chuti PTC. Práce zpracovává 147 vzorků slin od tří populací Mauritánie s cílem nasekvenovat DNA pro exon genu TAS2R38. Celkem bylo v genu TAS2R38 pozorováno deset polymorfních míst, které podmiňují 16 haplotypů. U všech tří populací se vyskytovaly mutace na aminokyselinových pozicích 49, 262 a 296, v rámci kterých bylo pozorováno všech osm možných haplotypů. Z těchto haplotypů tvoří 94 % majoritní haplotypy PAV a AVI a haplotyp AAI, které byly jako jediné pozorovány u všech tří populací. Současně bylo ve zkoumaném souboru pozorováno celkem 14 genotypů, z nichž nejčastěji zastoupené byly právě ty vzniklé kombinací těchto tří haplotypů. Výsledky Kruskal-Wallisova testu rovněž ukazují, že genotypy genu TAS2R38 jsou u zkoumaných afrických populací silným prediktorem chutnačství PTC. Haplotyp PAV je spojen s chutnačstvím a AVI naopak s nechutnačstvím PTC. Zároveň bylo potvrzeno, že PAV je ancestrálním haplotypem, který je evolučně nejblíže k šimpanzímu genu TAS2R38, a s největší pravděpodobností přinášel v minulosti nějakou...
|
|
|
Stanovení sekvenčních variací mtDNA v české populaci pro využití ve forenzní genetice.
Řadová, Marie ; Coufalová, Pavla (vedoucí práce) ; Vaněk, Daniel (oponent)
Ve forenzním výzkumu i praxi se běžně setkáváme s analýzou jaderné DNA. V některých případech je ovšem dostupná pouze DNA mitochondriální. MtDNA se nachází v buňkách člověka, na rozdíl od jaderné DNA, v průměru v 500 kopiích. Je dědičná pouze po maternální linii, takže se zachovává po generace nezměněná, až na specifické nekódující úseky, kde se často vyskytují mutace. Určení specifického haplotypu pomáhá kriminalistům k identifikaci neznámého vzorku, kde maternální příbuzní mohou poskytnout referenční vzorky pro porovnání. MtDNA je také oproti jaderné DNA velmi odolná vůči vnějším vlivům, čehož se ve forenzní genetice velmi často využívá v případech, kdy je zkoumaného materiálu velmi málo či je degradovaný. Abychom mohli s určitou pravděpodobností vyloučit nebo potvrdit shodu dvou vzorků nebo zařadit podezřelého či pohřešovaného do specifické populace, z které hledaná osoba pochází, potřebujeme dostatečně velké srovnání. Tím jsou pro nás právě populační databáze mitochondriální DNA, na kterých studujeme frekvence výskytu různých haplotypů v jednotlivých populacích. V této práci se zabývám historií DNA sekvenování v oblasti forenzního zkoumání, mitochondriální DNA analýzou a také srovnáním dat dostupných v populačních databázích ve světě i v České republice. Práci jsem dále doplnila analýzou dvou...
|
|
|
Genetické příčiny medulárního karcinomu štítné žlázy a Hirschsprungovy choroby
Václavíková, Eliška ; Bendlová, Běla (vedoucí práce) ; Dvořáková, Lenka (oponent) ; Stárka, Luboslav (oponent)
Genetické příčiny medulárního karcinomu štítné žlázy a Hirschsprungovy choroby Abstrakt Medulární karcinom štítné žlázy (MTC) a Hirschsprungovu chorobu (HSCR) spojuje jejich společné zařazení mezi neurokristopatie, čili onemocnění spjatá s tkáněmi a buňkami, jejichž původ je v neurální liště. Právě v buňkách pocházejících z neurální lišty, kam patří i parafolikulární buňky štítné žlázy, jejichž zmnožením vzniká MTC, a enterické gangliové buňky, jejichž absencí v gastrointestinálním traktu se manifestuje Hirschsprungova choroba, se exprimuje membránový tyrozinkinázový receptor RET. Tento receptor má významnou úlohu při proliferaci, diferenciaci a přežívání těchto buněk a jeho prostřednictvím je aktivováno mnoho signálních drah. Pokud dojde k porušení přísně regulované aktivace, např. vlivem mutací v konkrétních místech jeho genu, stává se RET velmi účinným onkogenem. Aktivující zárodečné mutace v RET proto-onkogenu vedou ke vzniku familiárních forem MTC, zatímco sporadické formy MTC jsou způsobeny somatickými mutacemi v nádorové tkáni. Naopak inhibující mutace vyvolají poruchu migrace prekurzorů gangliových buněk při vývoji enterického nervového systému a vznik HSCR. V ojedinělých případech se obě onemocnění u pacienta sdružují vlivem mutací schopných aktivace i inaktivace. I v případech, kdy kauzální mutace...
|
|
|
Genetické příčiny medulárního karcinomu štítné žlázy a Hirschsprungovy choroby
Václavíková, Eliška
Genetické příčiny medulárního karcinomu štítné žlázy a Hirschsprungovy choroby Abstrakt Medulární karcinom štítné žlázy (MTC) a Hirschsprungovu chorobu (HSCR) spojuje jejich společné zařazení mezi neurokristopatie, čili onemocnění spjatá s tkáněmi a buňkami, jejichž původ je v neurální liště. Právě v buňkách pocházejících z neurální lišty, kam patří i parafolikulární buňky štítné žlázy, jejichž zmnožením vzniká MTC, a enterické gangliové buňky, jejichž absencí v gastrointestinálním traktu se manifestuje Hirschsprungova choroba, se exprimuje membránový tyrozinkinázový receptor RET. Tento receptor má významnou úlohu při proliferaci, diferenciaci a přežívání těchto buněk a jeho prostřednictvím je aktivováno mnoho signálních drah. Pokud dojde k porušení přísně regulované aktivace, např. vlivem mutací v konkrétních místech jeho genu, stává se RET velmi účinným onkogenem. Aktivující zárodečné mutace v RET proto-onkogenu vedou ke vzniku familiárních forem MTC, zatímco sporadické formy MTC jsou způsobeny somatickými mutacemi v nádorové tkáni. Naopak inhibující mutace vyvolají poruchu migrace prekurzorů gangliových buněk při vývoji enterického nervového systému a vznik HSCR. V ojedinělých případech se obě onemocnění u pacienta sdružují vlivem mutací schopných aktivace i inaktivace. I v případech, kdy kauzální mutace...
|
|
|
Molekulárně genetická analýza pacientů s Usherovým syndromem
Průšová, Kateřina ; Ďuďáková, Ľubica (vedoucí práce) ; Kousal, Bohdan (oponent)
Práce je zaměřena na molekulárně genetické testování pacientů s Usherovým syndromem - na potvrzení správné diagnózy, určení kauzální příčiny vzniku onemocnění a popis nových mutací způsobující Usherův syndrom u českých pacientů. Usherův syndrom je klinicky a geneticky heterogenní onemocnění, které je nejčastější příčinou dědičné hluchoslepoty. Je klasifikováno do tří klinických subtypů. Vzhledem k tomu, že v současné době neexistuje žádná specifická léčba, je potřeba pochopit patofyziologii tohoto onemocnění a rozšířit spektrum kauzálních mutací. Teoretická část práce se věnuje anatomii oka, a to především stavbě sítnice. Pozornost je rovněž věnována onemocněním sítnice, jako je progresivní ztrátou zraku charakteristická Retinitis pigmentosa (RP). RP se může vyskytovat buď jako izolovaná porucha nebo také spolu s dalšími poškozeními jako tzv. syndromová RP. Mezi klasické syndromové RP patří Usherův syndrom, jímž se práce zabývá. V teoretické části se práce věnuje především mechanismu vzniku onemocnění, funkcím jednotlivých usherovských proteinů a genům, které tyto proteiny kódují. Rovněž jsou uvedeny nejčastější mutace způsobující Usherův syndrom v Evropě a výsledky haplotypových analýz, které byly u těchto frekventovaných mutací provedeny. Na základě jejich výsledků byl již dříve potvrzen efekt...
|
|
|
Bioinformatic analysis of single nucleotide polymorphisms in the 1000 Genomes Project database
Parobková, Viktória ; Roy, Sudeep (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
The whole-Genome sequencing and its variations discovery were challenging for many years. The knowledge of all genetic variations is remarkably beneficial in disease research. The bachelor thesis is dedicated to human genetic variations and its two main research projects, the HapMap Project and the 1000 Genomes Project which notably helped the disease analyses. The first part describes both Projects and the following part explains the structure of their databases and presents software which enables to browse and download data from these projects. At last, statistical, population and bioinformatic analyses are performed on structural variant dataset assembled by the 1000 Genomes Project.
|
|
|
Genetické příčiny medulárního karcinomu štítné žlázy a Hirschsprungovy choroby
Václavíková, Eliška ; Bendlová, Běla (vedoucí práce) ; Dvořáková, Lenka (oponent) ; Stárka, Luboslav (oponent)
Genetické příčiny medulárního karcinomu štítné žlázy a Hirschsprungovy choroby Abstrakt Medulární karcinom štítné žlázy (MTC) a Hirschsprungovu chorobu (HSCR) spojuje jejich společné zařazení mezi neurokristopatie, čili onemocnění spjatá s tkáněmi a buňkami, jejichž původ je v neurální liště. Právě v buňkách pocházejících z neurální lišty, kam patří i parafolikulární buňky štítné žlázy, jejichž zmnožením vzniká MTC, a enterické gangliové buňky, jejichž absencí v gastrointestinálním traktu se manifestuje Hirschsprungova choroba, se exprimuje membránový tyrozinkinázový receptor RET. Tento receptor má významnou úlohu při proliferaci, diferenciaci a přežívání těchto buněk a jeho prostřednictvím je aktivováno mnoho signálních drah. Pokud dojde k porušení přísně regulované aktivace, např. vlivem mutací v konkrétních místech jeho genu, stává se RET velmi účinným onkogenem. Aktivující zárodečné mutace v RET proto-onkogenu vedou ke vzniku familiárních forem MTC, zatímco sporadické formy MTC jsou způsobeny somatickými mutacemi v nádorové tkáni. Naopak inhibující mutace vyvolají poruchu migrace prekurzorů gangliových buněk při vývoji enterického nervového systému a vznik HSCR. V ojedinělých případech se obě onemocnění u pacienta sdružují vlivem mutací schopných aktivace i inaktivace. I v případech, kdy kauzální mutace...
|
host ::
RSS.